El Posgrado Interinstitucional en Derechos Humanos cuenta con cinco Líneas de Aplicación del Conocimiento:

1. Violaciones graves a los derechos humanos.
2. Derecho internacional de los derechos humanos.
3. Democracia y derechos humanos.
4. Derechos económicos, sociales, culturales y ambientales.
5. Sistemas de justicia y derechos humanos.